O mais recente estudo sobre o desmatamento na Bacia do Rio Xingu no Mato Grosso, lançado em março de 2006, é a nova versão do mapa Cabeceiras do Rio Xingu. Para o período entre 2003 e 2005, foram registrados mais 1.259.022 hectares desmatados em área de floresta (ou 7,08% do total) e cerca de 266 mil hectares (1,5%) em áreas que já sofriam algum tipo de alteração. Em relação a áreas que permanecem desmatadas desde o ano 2003, o mapa revela um total de mais de 4 milhões de hectares. Até 1994, a área desmatada na região era de 2 milhões de hectares, o equivalente ao Estado de Alagoas. Daquele ano até 2003, o desmatamento foi o dobro disso. Veja no mapa a evolução do desmatamento nas cabeceiras do rio Xingu
Rios importantes como o Curisevo, o Culuene e o Suyá-Miçu – na porção leste/sudeste da bacia – já apresentam problemas graves de diminuição do volume hídrico, conforme constatado por expedições realizadas pela Associação Terra Indígena do Xingu (Atix) e pela equipe do Programa Xingu do ISA às áreas ao redor do Parque Indígena do Xingu. No lado oeste, a situação não é diferente. Só no município de Cláudia, sete nascentes do rio já secaram, conforme levantamento feito pelo Grupo Agroflorestal de Proteção Ambiental (Gapa).